Học thuyết Âm Dương được ứng dụng rộng rãi từ việc lý giải cấu trúc cơ thể, hoạt động sinh lý cho đến chẩn đoán và điều trị.

Cấu trúc cơ thể: Ngũ tạng thuộc Âm, Lục phủ thuộc Dương

• Ngũ tạng (Tâm, Can, Tỳ, Phế, Thận): Có chức năng tàng trữ tinh khí, huyết, tân dịch, thần chí nên mang thuộc tính Âm.

• Lục phủ (Đởm, Vị, Tiểu trường, Đại trường, Bàng quang, Tam tiêu): Có chức năng thu nhận, tiêu hóa, truyền hóa và bài tiết, lấy thông giáng làm thuận nên mang thuộc tính Dương.
  

•  Trong mỗi tạng phủ lại có Âm Dương riêng (VD: Thận Âm - Thận Dương). Hệ thống này thể hiện sự phân chia theo chức năng sinh lý hơn là cấu trúc giải phẫu đơn thuần.

Hoạt động sinh lý: Khí thuộc Dương, Huyết thuộc Âm

Khí có tính vận động, sưởi ấm nên thuộc Dương. Huyết có tính nuôi dưỡng, làm mát nên thuộc Âm.

• Khí hư / Khí trệ: Dẫn đến mệt mỏi, hụt hơi, đầy tức, uất kết.

• Huyết hư / Huyết ứ: Dẫn đến chóng mặt, da khô, mất ngủ, đau cố định, sắc mặt tối.
  Cơ thể luôn cần cả năng lượng vận hành (Khí) lẫn chất liệu nuôi dưỡng (Huyết) để duy trì sức khỏe tối ưu.

Nhịp sinh học ngày đêm: Dương chủ động, Âm chủ tĩnh

Ban ngày, Dương khí vươn ra ngoài giúp ta làm việc, giao tiếp và tiêu hóa. Ban đêm, Âm khí thu vào trong giúp cơ thể nghỉ ngơi, phục hồi Huyết và Tân dịch. Do đó, hiện tượng mất ngủ thường được Đông y nhìn nhận là do cơ thể không thu được Dương về Âm (Tâm Thận bất giao, Âm hư hỏa vượng...).

Mất cân bằng Âm Dương và sự hình thành bệnh tật

Theo Y học cổ truyền, bệnh tật sinh ra khi sự cân bằng âm dương bị phá vỡ. Có 4 trạng thái mất cân bằng phổ biến:

1. Âm thịnh sinh hàn: Do Âm quá mạnh hoặc nhiễm hàn tà (khí lạnh). Người bệnh sợ lạnh, tay chân lạnh, đau bụng thích chườm ấm, tiêu chảy, rêu lưỡi trắng.

2. Dương thịnh sinh nhiệt: Do Dương quá mạnh hoặc nhiễm nhiệt tà (khí nóng). Người bệnh sốt cao, khát nước, táo bón, mặt đỏ, nước tiểu vàng, rêu lưỡi vàng.

3. Âm hư sinh nội nhiệt: Phần Âm bị hao tổn không thể làm mát cơ thể, sinh ra "hư nhiệt". Triệu chứng: nóng hâm hấp về chiều, đổ mồ hôi trộm, khô miệng, bứt rứt, lưỡi đỏ ít rêu.

4. Dương hư sinh ngoại hàn: Dương khí suy yếu không đủ sức sưởi ấm. Triệu chứng: sợ lạnh kéo dài, mệt mỏi, tiêu chảy lúc sáng sớm (ngũ canh tả), tiểu nhiều, lưỡi nhạt bệu.

Nguyên tắc điều trị Y học cổ truyền : Lập lại sự cân bằng Âm Dương

Mục tiêu tối thượng của các phương pháp điều trị  (dùng thuốc, châm cứu, xoa bóp bấm huyệt...) đều hướng tới việc lập lại sự cân bằng âm dương. Nguyên tắc kinh điển trong Đông y chỉ rõ:

"Hàn giả nhiệt chi, nhiệt giả hàn chi."
(Bệnh hàn thì dùng phương pháp ôn nhiệt để làm ấm; Bệnh nhiệt thì dùng phương pháp hàn lương để làm mát).

• Nếu Âm hư, pháp trị là Dưỡng Âm.

• Nếu Dương hư, pháp trị là Ôn Dương.

• Nếu Âm Dương đều hư, cần phải Điều bổ cả hai theo mức độ phù hợp.

Đó là lý do tại sao cùng một triệu chứng như "đau đầu", "mất ngủ" hay "đau dạ dày", mỗi người lại có một phác đồ khác nhau. Thầy thuốc cần thăm khám kỹ lưỡng (Tứ chẩn: Vọng - Văn - Vấn - Thiết) để phân biệt rõ gốc bệnh là hư hay thực, hàn hay nhiệt, do Âm suy hay Dương kém để tìm ra phương pháp điều trị, dưỡng sinh hay hướng dẫn thay đổi lối sống phù hợp cho bệnh nhân.